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ネットワーク上に外部から遮断された見えない通り道を作るように見えることからトンネルと呼ばれるようになったようです。
本来通信を行ないたいプロトコルで記述されたパケットを、別のプロトコルのパケットで包んでカプセル化し、 送り届けることにより通信を行ないます。
パケットのカプセル化とその解除はトンネルの両端の機器が自動的に行なうため、 トンネルで結ばれた機器同士は途中の通信方式や経路を気にする必要はなく、あたかもトンネルの両端の機器が直結しているように見えます。